As vagas da Licenciatura Intercultural Indígena são divididas por região do estado da Bahia (Norte, Sul, Extremo Sul e Oeste). Entretanto, o curso prevê duas vagas especiais: uma para pessoa com deficiência e outra para pessoa trans. Para concorrer às vagas especiais, é necessária a apresentação do laudo médico, no caso de pessoa com deficiência, ou a autodeclaração de pessoa trans, no caso de indígena trans. Para as outras modalidades (vagas para professores com vínculo em escolas indígenas e vagas para egressos do ensino médio), não é necessário apresentar essas documentações (laudo médico e autodeclaração trans).